Avec plus de 17 500 îles dont plus de 7 000 sont inhabitées qui représentent 50 000 km de côte, plus de la circonférence de toute la terre, c’est le plus grand archipel au monde. Elle s'étend des 2 côtés de l'équateur. Les 4 plus grandes îles sont Java, Sumatra, Kalimantan - la partie indonésienne de Bornéo, et la Nouvelle-Guinée.
À l'époque de la glaciation de Würm, le niveau des mers est plus bas qu'aujourd'hui et l'archipel indonésien fait partie du continent asiatique. L'Indonésie est alors le lieu de passage des migrations qui, de -70 000 à -40 000 vont de l'Asie vers l'Australie. Les migrations de population de langues austronésiennes, qui forment la majorité de la population moderne, commencent vers 2000 avant J.C. depuis Taïwan vers les Philippines, et vers 1500 avant J.C., d'autres migrations austronésiennes commencent vers l'Indonésie et le Pacifique. La population actuelle est estimée à 240 millions de personnes, il s'agit du 4e pays le plus peuplé du monde et le 1er pays musulman pour le nombre de croyants, 86,1 % d'Indonésiens déclarant l'être lors du recensement officiel de 2000. 8,7 % de la population se déclare chrétienne, au 2/3 protestants, 3 % hindoue et 1,8 % bouddhiste ou autre. D’une superficie de 1 919 440 kilomètres carrés, l'Indonésie est le 16e plus grand pays du monde. La densité de population est de 134 habitants par kilomètre carré, 79e mondiale. Java, l'île la plus densément peuplée du monde, compte 940 habitants par kilomètre carré.
Avec 4 884 mètres d'altitude, le Puncak Jaya en Papouasie est le point culminant de l'Indonésie. Le lac Toba, à Sumatra, est le plus grand lac avec une étendue 1 145 kilomètres carrés. L'Indonésie est située à la convergence de 3 plaques tectoniques : la plaque pacifique, la plaque eurasienne et de la plaque australienne. Il en résulte une très forte activité volcanique : le pays compte au moins 150 volcans actifs, dont le Krakatoa et le Tambora, tous les deux célèbres pour leurs éruptions dévastatrices au XIXe siècle. L'éruption du supervolcan Toba il y a 70 000 ans a été l'une des plus grandes éruptions de l'histoire.
Les forêts couvrent environ 60 % du pays. 320 parcs nationaux. L'Indonésie est 2de après l'Australie en termes de degré d'endémisme, 26 % des 1 531 espèces d'oiseaux et 39 % des 515 espèces de mammifères sont endémiques. 3 centres de conservation d’orang outans : Kutai et Tanjung Puting à Bornéo, et Bukit Lawang à Sumatra. La date de la divergence des génomes de l’orang outan et les humains est généralement estimée à 12-14 millions d'années. Selon les critères, ils auraient environ 3 à 4% de différences génétique avec l'espèce humaine. La taille moyenne des orangs-outangs est de 1,10 à 1,40 m pour 40 à 80 kg. Les mâles adultes mesurent environ 1,40 m et pèsent jusqu'à 82 kg. Les individus peuvent vivre de 30 à 40 ans. Chaque nuit, ils fabriquent un nouveau nid perché entre 12 et 18 mètres au-dessus du sol.
